Recent docker notes

記錄最近跑 docker / singularity 的指令

引入本機資料

在container內使用外部檔案，設定 --volume 或 -v 並指定在container可以access的路徑名稱，例如:

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## my input file: /path/to/input/input.txt

docker run -v /path/to/input:/data my_container:latest -input /data/input.txt

singularity 也有相似指令 --bind

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singularity exec --bind /path/to/input:/data,/path/to/other:/index my_sing.sif -input /data/input.txt -output /index

修改寫入權限

有時遇到 docker 輸出檔案的權限為 root ，若以後要修改刪除等操作會不方便，使用 --user $(id -u):$(id -g) 來將輸出的owner, group 權限給下指令的使用者，例如:

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docker run -it -rm -v /path/to/input:/data --user $(id -u):$(id -g) my_container:latest -input /data/input.txt -output /data/output.txt

若owner為使用者，之後還可通過linux chgrp 修改 group 權限

其他指令

加上 --rm 讓container執行完一併刪除加上 --it 進入互動模式，但有可能出現 the input device is not a TTY 錯誤

用 Dockerfile 建立 docker 並使用

前陣子使用某docker遇到bug無法執行成功，因此稍微修改他的dockerfile -> push至dockerhub -> pull 回來使用註1: 以下有匿名處理 docker name 請參考code就好XD 註2: 需要註冊 https://hub.docker.com/ 才能push 註3: my references

首先登入dockerhub 建立新專案

回到linux建立docker

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## cd to dockerfile directory and build docker
docker build -t local/origin_docker_fixed:latest .

## need user login 
docker login

## rename docker tag (origin TAG is <none>)
## the image name may be the same as the repository we created
docker tag 53a8d0dbxxxx pxchen/origin_docker_fixed

## check 
docker image ls

## push to the existing repository
docker push pxchen112/msisensor-pro-fixed

回到 dockerhub，點進去看push的image 以及Dockerfile layer

常用的 image base

基礎映像	標籤	特點
Alpine Linux	`alpine:latest`	輕量、安全、適合容器化應用，小映像大小
Ubuntu	`ubuntu:latest`	廣泛使用的 Linux 發行版，功能豐富
CentOS	`centos:latest`	穩定、適用於企業級應用，基於 RHEL
Debian	`debian:latest`	穩定，有廣泛的套件庫
Scratch	`scratch`	最小化基礎映像，不包含操作系統
Golang	`golang:latest`	包含 Go 程序語言和開發工具的基礎映像
Node.js	`node:latest`	包含 Node.js 環境的基礎映像

將建立好的 docker 存成 tar 檔並加載到其他環境

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docker save -o yourdocker.tar local/origin_docker_fixed:latest

docker load yourdocker.tar